蒙古语属阿尔泰语系的蒙古语族，分为蒙古、巴尔虎布里亚特和卫拉特三种方言。博尔塔拉境内的察哈尔蒙古原讲内蒙古方言，因西迁与卫拉特蒙古（主要是土尔扈特蒙古）长期相处，语言相习，除少部分口语发音略有不同处，已普遍讲卫拉特方言。

蒙古文分胡都木和托忒蒙古文两种，托忒蒙古文只在卫拉特方言区使用，故自治州的蒙古族使用托忒蒙古文。1981年10月，自治区第三次蒙古语文工作会议之后，胡都木蒙古文开始在全州蒙古族中小学全面使用。